L'Assemblea dei Fondatori si riunisce almeno una volta l'anno per deliberare, tra le altre cose,  sulla programmazione, il bilancio di esercizio e il bilancio sociale. Ogni quattro anni elegge il/la Presidente, il/la Direttore/trice Generale, i membri del Consiglio Direttivo. L’assemblea dei Fondatori nomina l’Organo di Controllo e conferisce l’incarico di Revisore Legale dei Conti.

L'Assemblea dei Promotori si riunisce almeno una volta l'anno per approvare i documenti di programmazione del CISP e  per formulare pareri e proposte sulle attività, programmi e obiettivi del CISP.

Il/la Presidente ha la legale rappresentanza del CISP, presiede il Consiglio Direttivo e cura le relazioni con enti, istituzioni, imprese e altri organismi, anche al fine di instaurare rapporti di collaborazione e sostegno alle iniziative del CISP.

Il/la Vice Presidente sostituisce il Presidente in caso di assenza o impedimento.

Il/la Direttore/trice Generale ha la legale rappresentanza del CISP, dirige e coordina tutte le attività del CISP  e presiede l’Esecutivo.

Il Consiglio Direttivo esercita, tra le altre cose,   il monitoraggio finanziario e amministrativo, approva in via preventiva la programmazione e il bilancio, supervisiona l'operato delle strutture operative, ne nomina i responsabili e assume varie decisioni di rilevanza generale.

L’organo di controllo,  ai sensi della L.117/2017, vigila sull’osservanza della legge e dello Statuto e sul rispetto dei principi di corretta amministrazione, adeguatezza dell’assetto organizzativo, amministrativo e contabile.

L’Esecutivo è composto dal/la Direttore/trice Generale e dai responsabili delle principali strutture operative, che curano la promozione, pianificazione e realizzazione delle attività e progetti di competenza. L’Esecutivo svolge funzioni di coordinamento generale e armonizzazione delle attività delle strutture operative e formula orientamenti generali sulla gestione dei progetti.

Nella sede centrale in Italia del CISP i progetti sono promossi e coordinati dai Direttori delle Aree Geografiche: Laura Carraro, Africa; Luigi Grando, America Latina e Caraibi; Deborah Rezzoagli, MENA (Medio Oriente e Nord Africa) e Europa dell’Est; Giordana Francia, Italia ed Unione Europea 

Per assicurare determinati livelli di qualità operativa e di coordinamento interistituzionale, all'estero, nei paesi in cui opera più intensamente, il CISP costituisce  uffici locali o regionali. 

Il CISP si avvale, inoltre, di sedi regionali in Italia che hanno la funzione di consolidare il rapporto con il territorio e le istituzioni locali.